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    运用 R语言 pheatmap 包绘制热图(基础部分) 作者:fafa 生信 小蘑菇 主要内容: 对绘图文件格式的说明; 对数据处理的说明,这里的数据是物种属水平相对丰度表; 对pheatmap包基本绘图参数的修改,单元格的设置,聚类的设置,颜色的修改,单元格填充字体
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    在某些情况下,我们只是需要使用热图来直观呈现基因在样本中表达的变化规律,并不希望改变基因和样本的顺序,那就需要把参数cluster_rows 、cluster_cols 的设置成FALSE,不再进行聚类。 2 此外,我们还可以给热图添加 注释信息 。 首先,使用如下代码加载注释
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  • R语言绘图|一行代码绘制热图(heatmap) - 墨天轮
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    使用R语言绘制热图:R包pheatmap的全参数详细介绍 pheatmap参数: 网上有针对热图绘制的粗略讲解,但是都是参数不完整,可能不能满足所有人需求,于是手动整理了热图的全参数介绍。
  • R语言绘制热图实践——pheatmap包 - 王进的个人网站
    pheatmap实际上是 PrettyHeatmaps 的缩写,简单地来说,一个可以傻瓜式绘制聚类热图的R包。 常用参数介绍 基础设置 main 图的名字 file 要保存图的名字
  • R-多种方法绘制热图 - 知乎 - 知乎专栏
    ggplot + geom_raster():用于绘制简单热图的包和函数; heatmap():用于绘制简单热图的函数; heatmap 2():绘制增强热图的函数,此函数包装在gplots包; pheatmap():绘制聚类热图; ComplexHeatmap:用于绘制、注释和排列复杂热图的R bioconductor包(非常适用于基因组数据分析)





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